台灣智庫為財團法人基金會，由董事會指導智庫發展方向，董事長為前經建會主委陳博志。董事會下設執行委員會，負責智庫之日常決策及資源整合，並設執行長一人，負責統籌智庫整體運作，由前青輔會主委鄭麗君擔任，同時邀請淡江大學中國大陸研究所副教授郭建中董事任財經組召集人、馬偕醫護管理專科學校通識中心助理教授賴怡忠任國際組召集人、東吳大學政治系助理教授徐永明任法政組召集人、國立中正大學社會福利學系副教授呂建德擔任社會人文組召集人，以及林淑娥執行委員擔任行政部主任，負責統籌相關研究與行政業務之推動。