歷經十餘年，台灣陸續在高教領域推動了頂尖大學計畫及教學卓越計畫。頂大計劃開始於2006年，第一梯次17所大學獲得補助；第二梯次獲得補助的學校15所。教卓計劃則由2005年的11校，突增到2006年的28校，最高到33校。
對頂大及教卓的批評
這二個計畫，因為成效問題，引發監察院啟動調查。調查發現，耗費千億的頂大計畫，出現目標定義不清、造成校際資源M型化、重研究輕教學等現象。教卓計畫補助共約三○一．五億元，加上其後的技專教卓計畫，每年補助約70所學校，被質疑超過原規劃「補助全國卅％至四十％之大學校院」原則，還逐期增加。也因此，監察院質疑整個教卓計畫：「雨露均霑」造成資源分散，難稱「卓越」！
不只監察院提出糾正，學者亦批評不斷。周祝瑛[1]批評頂大計劃，「把排名工具當目標…把大學教授當成生產論文的工具、不顧各領域學術研究的差異本質，以齊一的論文發表數量來評估所有學術成就。」「爭取所謂的大學有形資源成了最終目標，大學的服務社會、培養人才及批判社會的本質淪為次要。」
王盈勛[2]則直指「這些計畫都無從擺脫兩條潛規則的牽制：一是依傳統學校排名分錢，二是最終通通有獎不得罪人。」「因為有潛規則一，不管計畫是不是叫頂大，台、清、交、成都會拿走計畫預算的大半；又因為有潛規則二，沒拿到正式計畫大錢的學校，教育部通常還會發點小錢給他們。」
周平[3]則質疑教卓計劃，「為了執行大量新增的活動，達成KPI所訂定的各項計畫參與人數或百分比，受補助大學無不想盡辦法動員師生參加各種講座、研習或工作坊。」因為過度動員，而導致教學的拙劣化。周平批評，「沒有任何人在乎這些活動內容對於教學或學習是否有實質幫助。」結果就是手段與目的的錯置，「因為受補助的大學，都因為太過在乎爭取經費和達成KPI，而忘了教育的本來面目，反把獲得獎助、達成指標、通過評鑑和取得認證當作目的本身。」
管中祥[4]也批評教卓計劃，「為了補助，許多大學卯足了勁，殺紅了眼，不只是動員全校，努力蒐集資料、撰寫計畫，教師及行政人員還必須花費正常工作以外的時間，連夜爆肝，作文比賽，根本很難兼顧研究及教學。」
比較大規模的實證論文，則是計智豪、孫志麟[5]針對96學年度獲得教卓計畫補助的大學，以計畫主持人、承辦人員、系所主管和教師等166位利害關係人為對象，進行的問卷調查。研究發現，「教學卓越計畫的執行效果主要是反映在學校的組織層面，而學生並沒有直接從中獲得更多的學習效益。」
教育部的自我檢討
因為這些外部的批評，讓教育部重新思考整個補助方向的變革，這也是深耕計畫出現的主因。在行政院107年7月20日核定的「高教深耕計畫」中，教育部自我檢討指出：
一、競爭型經費資源過度集中於少數學校，多數學校缺乏足夠發展經費，導致大學M型化發展的質疑。
二、學校為爭取經費未思考定位，大學呈現同質性發展，輕教學、重研究。
三、量化指標過多、過細，造成學校將手段與目標錯置，由目標導向轉變為指標導向，忽略教師教學及與學生學習的實質改善。
四、學校為追求排名衍生出以論文點數進行教師評鑑或獎勵、論文浮濫掛名增加論文量、甚至部分學校商業化操作等現象，不利高等教育學術發展。
五、過多KPI，管考頻繁，增加學校及教職人員行政負擔，耗費行政資源。
六、績效或審查指標未能針對不同領域多元設計(含審查委員之遴聘)且多有重疊，許多大學由原來學校發展的目標，逐漸轉變為配合考評指標中的項目。
深耕計劃重點的改變及目標
因為這樣反省所提出的深耕計劃院版規畫書[6]，可以看得出來計畫改變的重點，及核心理念的轉變：
資料來源：高等教育深耕計畫 (1060710行政院核定版)。
整個計畫也鎖定下列四個目標進行規劃：
1. 落實教學創新：以學生為主體進行教學翻轉，培養「自我學習、終身學習」及「發現問題，分析問題和解決問題」的能力。
2. 提升高教公共性：要求辦學資訊公開（含私立大學財務及董事會相關資訊等），並擴大辦理弱勢學生輔導，落實弱勢扶助。
3. 發展學校特色：除了少數拔尖，將淡化排名，鼓勵學校發展多元特色。
4. 善盡社會責任：鼓勵大學扮演地方智庫角色，深耕在地，促進區域發展。
檢討過去、回到教學是特色
其實，深耕計畫有一項前此沒有的特色，那就是正式計畫書提出前，學校必須先提出初步構想計畫書。其中的重點，就在於不要落入作文比賽，要求學校必須以具體校務資料為基礎，提出綜整性的問題分析，回應下列三個問題：
(1) 說明過去執行如頂大、典大、教卓、增能、特色大學計畫、提升專科計畫等在「落實教學創新及提升教學品質」、「發展學校特色」、「提升高教公共性」及「善盡大學社會責任」等面向之具體成果，並提出待解決或改善之問題檢討。
(2) 從校內學生學習角度出發，以具體之學生學習資訊，深入分析學生特質、學習行為、學習問題及困境，經過校內（含師生）共同規劃，形成對人才培育及學生學習成效之共同願景及理念，並提出待解決或改善之問題檢討。
(3) 從校內教師教學角度出發，分析教師教學及工作遭遇到之困難，並提出待解決或改善之問題檢討。
更重要地，則在於力圖引導各大學將經費落實於教學現場，以學生學習成效為主體，培養學生關鍵基礎能力。透過教學內容及方法之翻轉，提升學生學習動機，具備多元語文溝通能力、國際與多元文化視野、理性思辨、創新實踐、自主學習之行動力及使用資訊工具及行動學習之邏輯運算能力。
高教老兵對深耕計劃的期待
作為一個高教老兵，筆者覺得深耕計畫將教學拉回主軸，無疑是台灣當前高教最需要的方向。
高教圈的教師，當前最大的困境，就是不知如何面對進入大學的新一代。他們也不是不聰明，但翹課者多、聽課者少，睡覺及掛在手機者更是常態。加上對學術的興趣不高，與教師養成訓練所學、所追求南轅北轍，教師常有傳承者何在的憂心。
衡平而論，大學真的了解現在的學生嗎？單親、打工、工作與學位之間的徬徨、手機裡的迷茫世界，在在抽離學生與教師之間的距離。他們的興趣到底在哪裡？甚麼才是提升他們學習成效的藥方？這恐怕都是教師急迫想了解的事。
教學成效的關鍵在於老師；能了解學生學習困境的，正是第一線的老師。也因此，深耕計畫若真要達到功效，教師的協助必須第一優先。但這可能要追問，教育部及學校有沒有確實及定期掌握教師碰到的困境及需求，並提供了適切的協助嗎？
偏偏最近高教有些令人憂心的發展。有的學校緊縮系所經費、猛砍圖書館預算等等，種種省錢的思維，正在敗壞我們的高教體系。為了省錢，教師已變成陽春教授，剩一張嘴巴；加上少子化危機，教師有著朝不保夕的危機感，此時此刻，教師正站在十字路口！
此時此刻，也是觀照大學有無理念及願景的時刻。最近，筆者受邀參訪幾所學校，看到部分大學企圖打破現有體制，開展創新教學的可能性。有學校更計畫擺脫工業主義的傳統培育方式，提出由匠到師，將技術、知識與公民素養三螺旋纏繞，具前瞻性的人才培育計畫！這代表有心者仍在，讓我們看到未來大學的典範正在出現，我們的高教仍有希望。
教育部應該透過深耕計畫，主動發掘有理念、有前瞻性計畫的學校，給予相應的協助，然後監督學校依計畫推動。計畫好、有成效、能持續、具前瞻性等必須是深耕計畫的觀察所在。
若是有心辦學、對教育有理念，自然會從自己的學生了解開始，視學生的差異、發掘學生的潛力及特質，掌握學生的學習困難，協助老師擬定具前瞻性的培育及輔導計畫。
為了協助委員看出學校辦學端倪，教育部必須提供足夠的資料，讓委員完整掌握。資料的提供必須歷時性。歷年趨勢分析，很容易看出學校是不是有心辦學，舉例來說，教師需要各項相關資源以支持教學與研究，如果學校近幾年突然經費減少，即可看出問題所在。
這應該就是「深耕」的意義所在吧！十年樹木，百年樹人，追求的就是永續性的人才培育！如果學校有心辦學、有辦學理念，縱然學生少，政府也應該盡力協助！如果學校沒有理念、無心辦學，何必浪費民脂民膏？
結語
若要說對深耕計劃有所批評，則是將程式設計訂為指標，企圖引導所有大學開設程式設計課程這項指標。美其名為訓練邏輯運算能力，其實是為「數位國家‧創新經濟發展方案」[7]培養數位經濟細胞，顯然有違大學自主開課的原則。若真要訓練邏輯能力，開一門邏輯概論豈不更佳？
一個國家的教育應該有其自主性及理想性！但在台灣，教育卻常常被經濟綁架、屢屢要為經濟發展服務！觀諸歷年的各項指導性指標，那一次達到預設的目標？
另外，技專的深耕計劃，看得到對通識教育的重視，但在大學端的指標，通識教育卻似乎隱形。程式設計的強迫性，對照通識教育的隱形，明顯看到深耕計劃為數位經濟服務的影子，反而看不到為社會、為人類培養健全公民的理想。這毋寧是台灣高等教育的悲哀：我們是不是離開高等教育的理想太遠了！
資料來源：
[1] 2010/05/19【中國時報】
[2] http://opinion.cw.com.tw/blog/profile/85/article/5010
[3] http://opinion.cw.com.tw/blog/profile/399/article/4959
[4] http://opinion.cw.com.tw/blog/profile/47/article/2362
[5] https://zh.scribd.com/document/55548389/%E8%A8%88%E6%99%BA%E8%B1%AA-%E5%AD%AB%E5%BF%97%E9%BA%9F-%E5%A4%A7%E5%AD%B8%E6%95%99%E5%AD%B8%E5%8D%93%E8%B6%8A%E8%A8%88%E7%95%AB%E5%9F%B7%E8%A1%8C%E4%B9%8B%E7%A0%94%E7%A9%B6
[6] 高等教育深耕計畫 (1060710行政院核定版)。
[7] 數位國家‧創新經濟發展方案https://www.ey.gov.tw/News_Content.aspx?n=722606E55963357D&sms=A2FE4379891C538B&s=148ACEE4D1D5DB4D